HLA-DQA1 Protein Sequence Alignments IMGT/HLA Release: 3.1.0 Sequences Aligned: 16 July 2010 Steven GE Marsh, Anthony Nolan Research Institute. Please see http://hla.alleles.org/terms.html for terms of use. Prot -30 1 | | DQA1*01:01:01 MIL NKALLLGALA LTTVMSPCGG EDIVADHVAS CGVNLYQFYG PSGQYTHEFD GDEEFYVDLE RKETAWRWPE FSKFGGFDPQ GALRNMAVAK DQA1*01:01:02 --- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:01 --- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---Q------ ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:02 --- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---Q------ ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:03 --- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---Q------ ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:04 --- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---Q------ ---------- ---------- ---------- DQA1*01:03 --- ---------- ---------- ---------- ---------- ----F----- ---Q------ K--------- ---------- ---------- DQA1*01:04:01 --- ---------- ---M------ -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:04:02 --- ---------- ---M------ -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:05 --- ---------- ---M------ -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:06 *** ********** ********** *****----- ---------- ---------- ---Q------ ---A------ ---------- ---------- DQA1*01:07 --- ---------- ---M------ -G-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*02:01 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- ----F----- ---------- ----V-KL-L -HRLR.---- F--T-I--L- DQA1*03:01:01 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- -----S---- ---------- ----V-QL-L -RR-RR---- F--T-I--L- DQA1*03:02 --- ----M----- ----T----- ---------- Y------S-- -----S---- ---------- ----V-QL-L -RR-RR---- F--T-I--L- DQA1*03:03 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- -----S---- ---------- ----V-QL-L -RR-RR---- F--T-I--L- DQA1*04:01:01 --- ---------- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- DQA1*04:01:02 *** ********** ********** *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- DQA1*04:02 *** ********** ********** *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- DQA1*04:03N *** ********** ********** *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRX DQA1*04:04 *** ********** ********** *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- DQA1*05:01:01 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:01:02 *** ********** ********** ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:02 *** ********** ********** ********** *------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.--R- F--T-I--L- DQA1*05:03 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:04 *** ********** ********** *****----- Y------S-- L--------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:05 --- ----M--T-- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:06 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:07 --- ----M----- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:08 --- ----M--T-- ---------- ---------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:09 --- ----M--T-- ---------- K--------- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*05:10 *** ********** ********** *****----- Y------S-- ---------- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--L- DQA1*06:01:01 --- ---------- ---------- ---------- Y------S-- ----F----- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- DQA1*06:01:02 *** ********** ********** ********** *------S-- ----F----- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- DQA1*06:02 *** ********** ********** *****----- Y------S-- ----F----- ---Q-----G ----V-CL-V LRQ-R.---- F--T-I--T- Prot 71 | DQA1*01:01:01 HNLNIMIKRY NSTAATNEVP EVTVFSKSPV TLGQPNTLIC LVDNIFPPVV NITWLSNGQS VTEGVSETSF LSKSDHSFFK ISYLTFLPSA DEIYDCKVEH DQA1*01:01:02 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:01 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:02 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:03 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:02:04 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:03 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------HA ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:04:01 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:04:02 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:05 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*01:06 ---------- -------*** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** DQA1*01:07 --------C- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*02:01 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*03:01:01 -----V---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*03:02 -----V---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------D ---------- DQA1*03:03 -----V---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------D ---------- DQA1*04:01:01 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*04:01:02 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*04:02 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- -------I-- ---------- ---------- ---------- DQA1*04:03N DQA1*04:04 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- --H------- ---------- DQA1*05:01:01 ----SL---S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---- E-S------- DQA1*05:01:02 ----SL---S -------*** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** DQA1*05:02 ----SL---S ------**** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** DQA1*05:03 ----SL---S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---S E-S------- DQA1*05:04 ----SL---S -------*** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** DQA1*05:05 ----SL---S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---- E-S------- DQA1*05:06 ----SL---S ---------- ---------- -V----I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---S E-S------- DQA1*05:07 ----SL---S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---S E-S------- DQA1*05:08 ----SL---S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- --------I- ---------- -----L---- E-S------- DQA1*05:09 ----SL---S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---- E-S------- DQA1*05:10 ----SLV--S ---------- ---------- ------I--- ---------- --------H- ---------- ---------- -----L---- E-S------- DQA1*06:01:01 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- ---------- ---------- ---------- ---------- DQA1*06:01:02 -----L---S -------*** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** ********** DQA1*06:02 -----L---S ---------- ---------- ---------- ---------- --------H- --------R- ---------- ---------- ---------- Prot 171 | DQA1*01:01:01 WGLDQPLLKH WEPEIPAPMS ELTETVVCAL GLSVGLVGIV VGTVFIIQGL RSVGASRHQG PL DQA1*01:01:02 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -- DQA1*01:02:01 ---------- ---------- ---------- ------M--- ---------- ---------- -- DQA1*01:02:02 ---------- ---------- ---------- ------M--- ---------- ---------- -- DQA1*01:02:03 ---------- ---------- ---------- ------M--- ---------- ---------- -- DQA1*01:02:04 ---------- ---------- ---------- ------M--- ---------- ---------- -- DQA1*01:03 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -- DQA1*01:04:01 ---------- ---------- --------T- ---------- ---------- ---------- -- DQA1*01:04:02 ---------- ---------- --------T- ---------- ---------- ---------- -- DQA1*01:05 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -------*** ** DQA1*01:06 ********** ********** ********** ********** ********** ********** ** DQA1*01:07 ---------- ---------- --------T- ---------- ---------- ---------- -- DQA1*02:01 ----E----- ---------- ---------- ---------- ----L--R-- ---------- -- DQA1*03:01:01 ----E----- ------T--- ---------- ---------- ----L--R-- ---------- -- DQA1*03:02 ----E----- ------T--- ---------- ---------- ----L--R-- ---------- -- DQA1*03:03 ----E----- ------T--- ---------- ---------- ----L--R-- ---------- -- DQA1*04:01:01 ----E----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*04:01:02 ----E----- -********* ********** ********** ********** ********** ** DQA1*04:02 ----E----- -********* ********** ********** ********** ********** ** DQA1*04:03N DQA1*04:04 ----E----- -********* ********** ********** ********** ********** ** DQA1*05:01:01 ----K----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*05:01:02 ********** ********** ********** ********** ********** ********** ** DQA1*05:02 ********** ********** ********** ********** ********** ********** ** DQA1*05:03 ----K----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*05:04 ********** ********** ********** ********** ********** ********** ** DQA1*05:05 ----K----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*05:06 ----K----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*05:07 ----K----- ---------- ---------- -------C-- -------R-- ---------- -- DQA1*05:08 ----K----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*05:09 ----K----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*05:10 ----K----- -********* ********** ********** ********** ********** * DQA1*06:01:01 ----E----- ---------- ---------- ---------- -------R-- ---------- -- DQA1*06:01:02 ********** ********** ********** ********** ********** ********** ** DQA1*06:02 ----E----- -********* ********** ********** ********** ********** ** Please see http://hla.alleles.org/terms.html for terms of use.